长江在镇江新区境内折而向北，形成良好的天然深水岸线17公里，海拔9-10.55米（吴淞标高），常年水深-11至-8米，既有舟辑之利，又无洪灾影响。国家一类开放口岸--镇江港大港港区就坐落在镇江新区，大港是中国内河第三大港和中国主枢纽港之一，也是上海国际航运中心的组合港，与71个国家和地区的288个港口通航。
镇江港大港港区已建成2.5万吨级以上深水泊位15个，可常年停靠3万吨级船舶; 7万吨级的散货泊位1个，5千吨级散货装船泊位2个，2 .5万吨级化工专用码头1个，5万吨级集装箱泊位和3万吨级多用途泊位正在建设之中，全部建成后港区年吞吐量将达1亿吨。
另外，区内还拥有宝华物流、中远物流等一批设备先进、管理规范、运输快捷的物流公司为园区企业提供周到优质的运输服务。