镇江科技新城距离镇江市中心仅6公里，拥有便捷的水陆空立体交通网络。
铁路：穿越区内的京沪高速铁路，镇江到上海只需一个小时。沪宁城际轻型轨道交通镇江站、丹徒站分别距科技新城9km、3km。
公路：开发区内道路纵横交错，已建成各类城市主次干道70多公里。沪宁高速和扬溧高速形成陆路交汇，312国道、104国道和沿江公路贯穿境内。连接上海经济圈和南京都市圈的沪宁高速公路的镇江入口距科技新城仅10分钟车程，交通十分便利。
航空：距上海虹桥国际机场220公里，车程约2小时；上海浦东国际机场260公里，车程约2.5小时；距南京禄口国际机场90公里，车程约1小时；距常州机场40公里，车程约0.5小时。与130多个国家和地区建立了空中业务关系。